Comment charger la base de donnée BioPAX de PathwayCommons dans QLever?
De quoi parlons nous ?
QLever (prononcé “clever”) est une base de donnée graphe pour les triplets RDFs, avec un support pour les requêtes SPARQL.
PathwayCommons est une initiative visant à rassembler de multiples sources de données sur les voies métaboliques, aggrégées via le format standard BioPAX. PathwayCommons fournit un fichier OWL (web ontology language, un fichier permettant de sérialiser les ontologies et les triplets RDFs). PathwayCommons proposes diférents outils, dont une API.
…Afficher l'heure réelle du curseur sur audacity avec le plugin Nyquist Recording Time
Pour afficher l’horaire réel à la position du curseur sur audacity, information utile pour l’analyse d’enregistrement audio en nocmig, la technique usuelle est de générer un silence en début d’enregistrement d’une durée équivalente à l’heure du début de l’enregistrement, et de retrancher 24 heures une fois passé minuit.
Une technique alternative consiste à utiliser un plugin audacity qui permet de calculer le temps réel au niveau du curseur. (référence sur le forum audacity: https://forum.audacityteam.org/t/labels-to-show-time-that-a-recording-was-made/47327/6)
…Comparaison de Wikispecies avec la NCBI-Taxonomy
Wikispecies est un projet de Wikimedia visant à rassembler de nombreuses informations sur la taxonomie de l’ensemble des espèces du vivante, à laquelle tout internaute peut contribuer, à la manière de Wikipédia. La NCBI Taxonomy est une base de données sur la classification et la nomenclature des organismes, adossée à la base de données de séquences du NCBI (National Center for Biotechnology Information).
Dans ce billet, nous allons explorer ces deux bases de données, afin d’essayer d’identifier des différences dans les arbres du vivant proposés par les deux bases de données.
…Le jeu de la vie de Conway en programmation par ensemble de réponse
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Le jeu de la vie de Conway est un automate cellulaire bien connu. Les règles du jeu de la vie sont les suivantes: on dispose d’une grille à deux dimensions dont les cases, appelées cellules, sont soit mortes soit vivantes. À chaque itération, la grille est mise à jour de la façon suivante, en regardant l’état des 8 cellules du voisinage de chaque cellule de la grille:
- Une cellule morte possédant exactement trois cellules voisines vivantes devient vivante
- Une cellule vivante ne possédant pas exactement deux ou trois cellules vivantes meurt
L’objectif de ce petit billet de blog, est d’encoder ces règles en programmation par ensemble de réponses.
…Phénologie des observations d'hirondelle rustique en France
Un peu de contexte
Avec le changement climatique, les plantes profittent des douceurs de début de printemps, les fleurs sont plus précoces, les populations d’insectes sont plus précoces; et certaines espèces d’oiseaux ont semble t’il déjà commencé à modifier leur habitudes migratoires et arrivent plus tôt sous nos latitudes. <citation needed>
Nous allons tenter dans ce billet de blog, d’explorer les données d’observation de l’avifaune de Faune-France pour tenter d’en extraire des tendances pour quelques espèces communes.
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