Le blog d'un Geekus biologicus juvénile

Générer le code LaTeX/chemfig d'une réaction chimique avec Zyme


Durant les trois années de licence bioinformatique, nous avons des cours de biochimie, et ceux ci viennent avec leur lots de structure chimiques à connaître.

En L1, j’avais réalisé un document pdf avec LaTeX/chemfig des acides aminées protéinogènes en représentation de FISCHER, et j’avais trouvé ça plutôt sympa, bien que ça m’avait pris pas mal de temps à rédiger.

Ajourd’hui, j’améliore ma méthode: fini le code de la structure en chemfig (extension LaTeX) a la mano, vive le code généré par du code !

…
Read more ⟶

Piège Photo Arduino


Il y a maintenant quelques années, j’ai eu l’occasion de créer un piège photo basé sur une carte Arduino. Ce projet avait pour but de capturer des photos d’animaux sauvages, et de m’amuser un peu en électronique et programmation.

À l’époque, j’avais réalisé un site web en html, pour présenter le projet; mais je ne retrouve plus le code source… C’est con.

Je vais tout de même essayer de présenter ce vieux projet, à nouveau, en espérant que cela puisse intéresser quelqu’un.

…
Read more ⟶

How to mount a shared folder between Linux KVM Host and Guests


Sharing folder between KVM virtual machines and host, may be useful. Here is a way found in fedora forum.

Quickstart

Change vm to your vm hostname.

sudo mkdir -p /mnt/shared
sudo chmod -R a+rwX /mnt/shared
sudo semanage fcontext -a -t svirt_home_t "/mnt/shared(/.*)?"
sudo restorecon -R /mnt/shared
tee fs.xml << EOF > /dev/null
<filesystem type='mount' accessmode='mapped'>
<source dir='/mnt/shared'/>
<target dir='shared'/>
</filesystem>
EOF
virsh shutdown vm
virsh attach-device vm fs.xml --config
virsh start vm
ssh vm
sudo mkdir -p /mnt/shared
sudo tee -a /etc/fstab << EOF > /dev/null
shared /mnt/shared 9p trans=virtio 0 0
EOF
sudo mount -a

References

…
Read more ⟶

How to use virtual environments


To not interfere with your os configuration and keep your project reproducible, you should use a virtual environment as long as possible.

Virtual environment are a way to isolate your project from the rest of the system, and to avoid dependencies conflicts.

Python Virtualenv

Lets start by installing the virtualenv package.

sudo apt install python3-venv

And now you can create venvs for your project:

python3 -m venv .venv/myproject

It is a good practice not to create a virtualenv with name “venv”, but to use a name that reflects the project you are working on, in order to see directly in which venv you are working.

…
Read more ⟶

How to make automatic documentation using Doxygen, breathe and Sphinx


Doing documentation is required, to allow people to use your project. Here I present a rather easy solution.…
Read more ⟶