The blog of a juvenile Geekus biologicus

Afficher l'heure réelle du curseur sur audacity avec le plugin Nyquist Recording Time


Pour afficher l’horaire réel à la position du curseur sur audacity, information utile pour l’analyse d’enregistrement audio en nocmig, la technique usuelle est de générer un silence en début d’enregistrement d’une durée équivalente à l’heure du début de l’enregistrement, et de retrancher 24 heures une fois passé minuit.

Une technique alternative consiste à utiliser un plugin audacity qui permet de calculer le temps réel au niveau du curseur. (référence sur le forum audacity: https://forum.audacityteam.org/t/labels-to-show-time-that-a-recording-was-made/47327/6)

…
Read more ⟶

How to load the PathwayCommons OWL file into a local QLever instance?


What are we talking about?

QLever (pronounced “clever”) is a graph database for RDF triplets supporting the SPARQL query language.

PathwayCommons is an initiative to gather multiple sources of metabolic pathways, from multiple databases, and merge them in a single entrypoint, using the standard BioPAX ontology. Pathway-Commons provides a compressed OWL file for each release, as well as an API.

What do we want to do?

The objective of this tutorial is to show how one can load the Pathway-Commons OWL file in a local QLever instance, for unlimited local SPARQL queries.

…
Read more ⟶

How to interface TidalCycle with LMMS via MIDI ?


TidalCycle is a livecoding environment enabling live performance of code-generated music. LMMS is a digital audio workstation software. Both are free-libre opensource softwares. TidalCycle typically use SuperCollider to generate audio based on the patterns of Tidal. We can also use any device that can handle MIDI input to generate sound from Tidal patterns.

Procedure

On SuperCollider window, open startup file (File > Open startup file), then add the following code:

MIDIClient.init;

In the section where SuperDirt server starts, add the following before the ~dirt.start command:

…
Read more ⟶

Comparaison de Wikispecies avec la NCBI-Taxonomy


Wikispecies est un projet de Wikimedia visant à rassembler de nombreuses informations sur la taxonomie de l’ensemble des espèces du vivante, à laquelle tout internaute peut contribuer, à la manière de Wikipédia. La NCBI Taxonomy est une base de données sur la classification et la nomenclature des organismes, adossée à la base de données de séquences du NCBI (National Center for Biotechnology Information).

Dans ce billet, nous allons explorer ces deux bases de données, afin d’essayer d’identifier des différences dans les arbres du vivant proposés par les deux bases de données.

…
Read more ⟶

Le jeu de la vie de Conway en programmation par ensemble de réponse


*

Le jeu de la vie de Conway est un automate cellulaire bien connu. Les règles du jeu de la vie sont les suivantes: on dispose d’une grille à deux dimensions dont les cases, appelées cellules, sont soit mortes soit vivantes. À chaque itération, la grille est mise à jour de la façon suivante, en regardant l’état des 8 cellules du voisinage de chaque cellule de la grille:

  • Une cellule morte possédant exactement trois cellules voisines vivantes devient vivante
  • Une cellule vivante ne possédant pas exactement deux ou trois cellules vivantes meurt

L’objectif de ce petit billet de blog, est d’encoder ces règles en programmation par ensemble de réponses.

…
Read more ⟶